ตามที่กระทรวงการคลังได้ออกระเบียบกระทรวงการคลัง ว่าด้วยการตรวจสอบภายในของส่วนราชการ พ.ศ.2551 มหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยา จึงได้จัดตั้งหน่วยตรวจสอบภายในมหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยา โดยตั้งขึ้นตามระเบียบกระทรวงการคลังดังกล่าว ให้ขึ้นตรงต่อหัวหน้าส่วนราชการ เพื่อให้สามารถปฏิบัติงานในหน้าที่ได้อย่างเป็นอิสระ เป็นหน่วยงานสนับสนุนที่จะช่วยให้การบริหารงานของหัวหน้าส่วนราชการเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ
หลังจากมีการประกาศใช้พระราชบัญญัติวินัยการเงินการคลังของรัฐ พ.ศ.2561 โดยมาตรา 79 บัญญัติให้หน่วยงานของรัฐจัดให้มีการตรวจสอบภายใน การควบคุมภายในและการบริหารจัดการความเสี่ยง กระทรวงการคลังจึงได้กำหนดมาตรฐานและหลักเกณฑ์ปฏิบัติการตรวจสอบภายในสำหรับหน่วยงานของรัฐ เพื่อให้ทุกหน่วยงานของรัฐปฏิบัติตามมาตรฐานเดียวกัน
หน่วยตรวจสอบภายในจึงทำหน้าที่ให้บริการให้ความเชื่อมั่น และการให้คำปรึกษาแก่หน่วยรับตรวจในเรื่องการควบคุมภายใน การบริหารความเสี่ยง และการกำกับดูแล เพื่อให้หน่วยงานสามารถปฏิบัติงานได้อย่างมีประสิทธิภาพ โปร่งใส และตรวจสอบได้
