พ.ศ. 2448 ก่อตั้งโรงเรียนฝึกหัดครูเมืองกรุงเก่าขึ้น เมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม ณ หลังพระราชวังจันทร์เกษมต่อมาในปี พ.ศ.2467 ได้ตั้งโรงเรียนครูมูลกสิกรรมขึ้นสอนวิชากสิกรรมที่ตำหนักเพนียดอีกหนึ่งแห่ง ในปี พ.ศ.2475 ได้ทำการรวมโรงเรียนทั้งสองเข้าด้วยกัน ณ ตำหนักเพนียด เมื่อทางราชการประกาศยุบมณฑล ใน พ.ศ. 2476 จึงมีฐานะเป็นโรงเรียนฝึกหัดครูมูลฝึกหัดครูประกาศนียบัตรจังหวัดพระนครศรีอยุธยา
พ.ศ. ๒๔๗๙ ย้ายโรงเรียนจากตำหนักเพนียดมาตั้งในบริเวณกรมทหารตำบลหัวแหลม แยกเป็นสองโรงเรียนเปลี่ยนชื่อเป็น “โรงเรียนฝึกหัดครูประกาศนียบัตรจังหวัดพระนครศรีอยุธยา” และ “โรงเรียนฝึกหัดครูสตรีประกาศนียบัตรจังหวัดพระนครศรีอยุธยา” พ.ศ.2484 ได้ทำการย้ายโรงเรียนฝึกหัดครูประกาศนียบัตรจังหวัดพระนครศรีอยุธยาไปอยู่ที่ราชพัสดุติดกับวัดวรโพธิ์ (โรงเรียนประตูชัย ในปัจจุบัน) โรงเรียนฝึกหัดครูสตรีฯ ย้ายไปอยู่ที่ตำบลหอรัตนชัย(หอพักอู่ทองในปัจจุบัน)
พ.ศ. ๒๔๙๑ เปลี่ยนชื่อโรงเรียนฝึกหัดครูประกาศนียบัตรจังหวัดพระนครศรีอยุธยาเป็นโรงเรียนฝึกหัดครูพระนครศรีอยุธยาต่อมาในปี พ.ศ.2497 ยกฐานะกองการฝึกหัดครูเป็น กรมการฝึกหัดครู เมื่อวันที่ 29กันยายนและได้เริ่มต้นผลิตครู ป.กศ. ในปี พ.ศ.๒๔๙๘
พ.ศ. ๒๕๐๙ ได้ย้ายสถานที่ตั้งโรงเรียนฝึกหัดครูพระนครศรีอยุธยามาตั้ง ณ เลขที่ 96 หมู่ 2 ถ.โรจนะ ต.ประตูชัย อ.พระนครศรีอยุธยา จ.พระนครศรีอยุธยา ยกฐานะขึ้นเป็นวิทยาลัยครูพระนครศรีอยุธยา และได้ทำการรวมโรงเรียนฝึกหัดครูสตรีฯ เข้ากับวิทยาลัยครูพระนครศรีอยุธยาในปีพ.ศ.2511 ต่อมาได้ทำการเปิดสอนถึงระดับปริญญาตรี (ป.อ.) 2 ปีในปี พ.ศ.2517
พ.ศ.๒๕๑๙ เริ่มใช้หลักสูตรสภาการฝึกหัดครู เปิดสอนระดับ ป.กศ., ป.กศ.สูง 2 ปี ปริญญาตรี (ค.บ.) 2 ปี
พ.ศ.๒๕๒๓ เปิดสอนระดับปริญญาตรี (ค.บ.) 4 ปี
พ.ศ.๒๕๒๔ เปิดหลักสูตรสภาการฝึกหัดครู
พ.ศ.๒๕๒๖ เปิดรับนักศึกษา ป.กศ.สูง เทคนิคการอาชีพ เพิ่มเติม 6 วิชาหลักสูตรเปิดสอนถึงปีการศึกษา 2527 เท่านั้น
พ.ศ.๒๕๒๘ เปิดหลักสูตรสาขาวิชาการอื่นนอกเหนือจากสาขาวิชาชีพครู
พ.ศ.๒๕๓๕ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช พระราชทานนาม “ราชภัฏ” และตราสัญลักษณ์ราชภัฏแก่วิทยาลัยครูทั่วประเทศ เมื่อวันที่14 กุมภาพันธ์ 2535
พ.ศ.๒๕๓๘ มีการปรับเปลี่ยน พ.ร.บ.วิทยาลัยครู เป็น พ.ร.บ.สถาบันราชภัฏมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 25 มกราคม พ.ศ.2538 วิทยาลัยครูพระนครศรีอยุธยา จึงเปลี่ยนชื่อเป็น “สถาบันราชภัฏพระนครศรีอยุธยา”
พ.ศ. 2547 มีการปรับเปลี่ยน พ.ร.บ.สถาบันราชภัฏ พ.ศ.2538 เป็น พ.ร.บ.มหาวิทยาลัย ราชภัฏ พ.ศ. 2547 และมีผลบังคับใช้ เมื่อวันที่ 15 มิถุนายน พ.ศ. 2547 สถาบันราชภัฏพระนครศรีอยุธยาจึงเป็นมหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยา
พ.ศ. ๒๕๖๒ ได้มีการประกาศใช้ “พระราชบัญญัติ ระเบียบบริหารราชการกระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม พ.ศ. ๒๕๖๒” มหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยา จึงอยู่ภายในสังกัดกระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม